公元4世纪,罗马帝国日渐衰落,在亚历山大港,多神教的智者希帕提娅(蕾切尔•薇姿 Rachel Weisz 饰)为弟子们授课。奥利斯蒂斯(奥斯卡•伊撒克 Oscar Isaac 饰)对她暗送秋波,甚至在图书馆大胆表白;奴隶达乌斯(麦克思•明格拉 Max Minghella 饰)也对她颇有好感,但碍于身份卑微不便行动。与此同时,基督教徒宣扬的自由,让达乌斯的信仰开始动摇,此举令他遭受鞭刑,是希帕提娅为他疗伤,抚慰了他的心灵。时局动荡,基督教对多神教采取了进攻。双方在亚历山大图书馆对峙。后来,接到了罗马统治者的号令,让多神教撤出图书馆,允许基督教徒进入,于是一场残酷的浩劫开始了……