De film beslaat een echte historische periode van Japan van 1595 tot 1600. De ongrijpbare ninja Ishikawa Goemon is gevangengenomen en moet worden gestraft. En het lijkt erop dat hij deze keer niet zal kunnen wegglippen. Zal hij wraak kunnen nemen op zijn gezworen vijand, of is zijn geheime kunst voorbestemd om samen met hem te verdwijnen? De wereld van het middeleeuwse Japan is vol politieke intriges en samenzweringen, ingewikkelde beroemde mensen uit die tijd: Tokugawa, Toyotomi Hideyoshi, Mitsunari Ishida, Hattori Hanzo en anderen.