Cuando Arion Sherwind regresa al Instituto Raimon, descubre que todos sus compañeros y amigos ya no son miembros del club de fútbol, así como dicho club ya no existe. Una organización internacional empeñada en borrar el fútbol llamada El Dorado ha enviado a Alfa, un agente del futuro, pues el fútbol se ha convertido en un arma temible en el futuro. Arion es salvado por Fei Rune y su compañero Clark Wonderbot, quien viene desde hace 200 años para ayudar a Arion a proteger el fútbol. Después de fijar la línea de tiempo al estado original, el club de fútbol del Raimon regresa, pero El Dorado sigue enviando equipos para poder derrotar a los chicos, y así el equipo se lanza a la búsqueda para reunir a los Once más fuertes de la historia mediante los escritos en un libro denominado "Enseñanzas del Maestro", recogiendo el aura de figuras históricas y fortaleciéndose con el fin de derrotar a El Dorado y a sus equipos pertenecientes: Protocolo Omega.