Pingvinerne vendte aldrig tilbage fra deres tur til Europa, så nu rejser Alex, Marty, Gloria og Melman tværs over Atlanten for at hente dem. De finder pingvinerne i Monte Carlo, hvor de er i færd med at sprænge kasinoet. Men da det lokale veterinærpoliti fatter interesse for dyrene, søger vennerne fra zoo tilflugt hos en cirkustrup, der har kurs mod New York.